有害化学物質については、その性状等に対応して、人の健康または生活環境に係る被害を生ずるおれのある物質として「大気汚染防止法」(昭43法97)、「水質汚濁防止法」(昭45法138)、「廃棄物の処理及び清掃に関する法律」(昭45法137)、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」(昭48法117)などで、それぞれ物質を指定し、取扱いを規制している。

即ち、「大気汚染防止法」ではカドミウム及びその化合物、塩素及び塩化水素、弗素及び弗化珪素、鉛及び鉛化合物、窒素酸化物の5種類が指定され、その発生施設の種類毎に排出基準が決められている。

「水質汚濁防止法」では、カドミウム及びその化合物、シアン化合物、有機燐化合物、鉛及びその化合物、六価クロム及びその化合物、砒素及びその化合物、水銀及びアルキル水銀、その他の水銀化合物、ＰＣＢの9物質及びトリクロロエチレン等が指定され、排水基準が設定されている。

また、「廃棄物の処理及び清掃に関する法律」では、水銀またはその化合物、カドミウムまたはその化合物、鉛またはその化合物、有機燐化合物、六価クロム化合物、砒素またはその化合物、シアン化合物、ＰＣＢが定められ、一般の産業廃棄物と比較して、厳しい規制がされている。

また「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」では、難分解性、高蓄積性で慢性毒性のあるＰＣＢ、ＤＤＴなどが第一種特定化学物質に指定され、原則的に製造･輸入が禁止されている。

メチル、エチルなどのアルキル基やフェニルなどの基と水銀とが結合している化合物を有機水銀という。有機水銀種子消毒剤、水田のいもち病用農薬などに使用されていた。しかし現在有機水銀は農薬として認められていない。

有機水銀は、無機水銀に比べ毒性が強く、特にメチル水銀化合物の毒性は強い。メチル水銀などの毒性は、主として神経系を損傷する。熊本県水俣で、工場から排出されたメチル水銀が魚介類に蓄積され、それを食べた人の体内に取り込まれ、その結果、水俣病が発生した。有機水銀については、水質汚濁に係る環境基準が設定され、「水質汚濁防止法」(昭45法138)、「廃棄物の処理及び清掃に関する法律」(昭45法137)において有害物質として、厳しく規制されている。

全ての物質は有機物質と無機物質に分類される。有機物質とは炭素化合物（一酸化炭素及び二酸化炭素を除く）の総称であり、有機物質以外の物質を無機物質という。
工場排水、生活排水に含まれている汚濁物質の内、多くを占めるのが有機汚濁物質である。

工場の生産工程において各種の溶剤が多量に使用されている。有機溶剤には第一種、第二種、第三種の分類があり、代表的なものとして、第一種：クロロホルム、四塩化炭素、ジクロロエタン、ジクロロエチレン、テトラクロロエタン、トリクロロエチレン他、第二種：アセトン、イソプロピルアルコール、トルエン、キシレン、エチルエーテル、エチレングリコール、スチレン、メタノール他、第三種：ガソリン、テレピン油、石油エーテル、石油ナフサ、石油ベンジンなどがある。いずれも揮発性、脂溶性、引火性及び呼吸器・消化器・皮膚からの易吸収性を持ち、中枢神経への麻酔作用、頭痛、めまい、皮膚粘膜症状として皮膚炎、亀裂、萎縮などの症状をおこす。また、気体として排出されると窒素酸化物とともに光化学スモッグの原因ともなる。
近年、工場跡地における有機溶剤による土壌・地下水汚染が深刻化している。